نظام آپارتاید مذهبی جمهوری اسلامی به صورت یك هرم متصلب جایگاه افراد ایرانی را بر اساس مبانی عقیدتی آنان مشخص كرده است. در رأس این هرم، روحانیت شیعه قرار دارد كه از هر حق قابل تصوری و حتا حق آدم كشتن برخورداراست. یعنی روحانیان شیعه نه فقط از همه آزادی‌ها برخوردارند و بلكه می‌توانند فتوای قتل دیگران را نیز صادر كنند. هزاران نفر در دوران حیات جمهوری اسلامی به فتوای روحانیان شیعه (از جمله، آیت الله خمینی) به صورت فراقضایی و بدون محاكمه به قتل رسیده‌اند. در این هرم عقیدتی هرچه كه از رأس به قاعده نزدیك می‌شویم (به ترتیب، شیعیان غیر روحانی، سنیان، پیروان اهل كتاب، بی‌دینان، بهاییان و امثال آنان)، حقوق افراد كاهش می‌یاند. سرانجام، در قاعده هرم كسانی قرار دارند (از جمله، بهاییان و بی‌دینان) كه از هیچ حقی و حتا حق حیات نیز ممكن است برخوردار نباشند. یعنی حق تقریبا مطلق به شمول حق آدم كشی در رأس هرم، و بی‌حقی تقریبا مطلق به شمول فقدان حق حیات در قاعده هرم. یكی در بالا می‌تواند حتا حیات دیگران را سلب كند، و دیگری در پایین كه نمی‌تواند حتا از حق حیات برخوردار شود.

در این نظام متصلب آپارتاید مذهبی، اما، حقوق مطلق روحانیت شیعه تنها به كسانی تعلق می‌گیرد كه به ساختار سیاسی آن تن دهند و قرائت رسمی مذهب را بپذیرند. روحانیانی كه قرائت دیگری از مذهب را عرضه كنند نه فقط از حقوق انحصاری روحانیت شیعه محروم می‌شوند و بلكه ممكن است تحت تعقیب و فشار نیز قرار گیرند. اینان دست كم از عضویت این طبقه خاص بیرون رانده می‌شوند (به صورت نمادین، با خلع لباس) و دست بالا ممكن است به زندان و شكنجه دچار شوند و یا به مجازات‌های سنگین و حتا اعدام نیز محكوم گردند. برای حاكمان مذهبی/سیاسی جمهوری اسلامی، انحراف از قرائت رسمی مذهب تخلف ساده‌ای نیست. كسانی كه مذهب حاكم را نمی‌پذیرند ممكن است «دشمن» تلقی شوند. اینان ناخودی هستند و بسته به موقعیت خود در هرم آپارتاید مذهبی، سنگینی بار گناه خود را به دوش می‌كشند. ولی كسانی‌ كه در عین هم‌مذهبی‌ با حاكمان در مذهب خود نواندیشی می‌كنند و قرائت دیگری را عرضه می‌كنند در زمره «خائنان» بشمار می‌روند. اینان نه فقط خود به بیراهه رفته‌اند و بلكه اقتدار مذهبی حاكمان را به زیر سؤال برده‌اند و بنیان آن را دستخوش تزلزل كرده‌اند. از مجازات این كسان نمی‌توان به سادگی گذشت. این نواندیشان اگر در لباس روحانیت باشند به طور مضاعف به «منافع ‌طبقه‌» خود خیانت ورزیده‌اند و به همان شدت هم ممكن است تحت فشار و سركوب قرار گیرند.

در سركوب روحانیان دگراندیش، دادگاه ویژه روحانیت نقش اساسی دارد. بر خلاف ادعاهای رژیم، این دادگاه تنها برای تعقیب و مجازات روحانیان آلوده به «فساد» تشكیل نشده است. نقش اصلی این نهاد در واقع مهار آزادی ‌اندیشه در گفتمان مذهبی است تا طالبان علوم دینی از صراط مستقیم قرائت رسمی مذهب منحرف نشوند و در دین نوآوری‌ نكنند. شمار زیاد روحانیانی كه به دلایل عقیدتی به دادگاه مذكور كشانده شدند بهترین دلیل این مدعا است. محسن كدیور و حسن یوسفی‌ اشكوری از نمونه‌های برجسته این افراد بشمار می‌روند كه صرفا به دلیل اظهارات خود به این دادگاه تحت تعقیب قرار گرفتند. آقای اشكوری كه پس از مراجعت از آلمان و كنفرانس برلن دستگیر شده بود، به دلیل اظهاراتش در آلمان، از سوی این دادگاه در خطر اعدام قرار داشت. خطر اعدام به دنبال یك سلسله اعتراض‌های وسیع داخلی و بین‌المللی‌ بر طرف شد، ولی این اعتراضات مانع از آن نگردید كه آقای اشكوری مدتی طولانی را در زندان بگذراند و جامه روحانیت را نیز به كناری ‌نهد. حكومت اسلامی برای تعقیب و سركوب روحانیان نواندیش لازم دیده است دادگاه خاصی را، كه جایی در قانون اساسی این نظام ندارد و بنیاد آن غیر قانونی است، برپا كند تا به صورت سازمان یافته تمرد و دگراندیشی در درون روحانیت را مورد حمله قرار دهد و از بیان و اشاعه اندیشه‌های مستقل از حاكمیت جلوگیری‌ كند.

تعقیب و سركوب نواندیشان مذهبی، چه در قالب دادگاه ویژه روحانیت در مورد روحانیان و چه از طریق دادگا‌ه‌های عادی در مورد سایرین، در سال‌های اخیر شدت گرفته است. یوسفی اشكوری و هاشم آغاجری از نمونه‌هایی هستند كه در چند سال اخیر به دلیل دگراندیشی در معرض خطر مرگ قرار گرفتند و سرانجام بر اثر اعتراضات داخلی و بین‌المللی از این خطر نجات یافتند. اكبر گنجی نیز در ماه‌های اخیر و به دنبال نوشته‌های جدیدش در معرض تكفیر و تهدید قرار گرفت، ولی به دلیل این كه در خارج كشور به سر می‌برد گزندی به او نرسیده است. اكنون و در یكی ‌دو هفته اخیر روزنامه‌های حكومتی باز در مورد دو نفر سر و صدا به راه انداختند. یكی از آن دو هاشم آغاجری است كه قبلا هم مورد طعن و لعن قرار داشته است. دیگری محمد مجتهد شبستری است كه از اندیشمندان عالی‌رتبه روحانیت بشمار می‌رود (با این كه اخیرا لباس روحانیت را به كناری‌ گذاشته) و در بین نواندیشان دینی نیز مقام برجسته‌ای دارد. آقای ‌شبستری نه فقط به عنوان یك نواندیش دینی و بلكه به عنوان یك روحانی متبحر در علوم دینی ‌ و فلسفی سخن می‌گوید و مطالعات فراوانی در متون كلامی و فلسفی و الاهیات شرق و غرب دارد.

محمد مجتهد شبستری از معدود روحانیانی است كه با این كه عمر درازی را در حوزه علمیه و مطالعات مذهبی گذرانده است هیچگاه مسحور قدرت نشده و اندیشه خود را به بند نكشیده است. هم‌دوره‌ای‌های او در حوزه قم در سال‌های پیش از انقلاب اكنون یا در مقام آیت‌اللهی نشسته‌اند و از این طریق ارتزاق می‌كنند و یا مقام‌های بالای قدرت جمهوری اسلامی را تصاحب كرده‌اند. او پس از انقلاب در دوره اول مجلس شورای اسلامی به نمایندگی انتخاب شد، ولی پس از آن عطای سیاست را به لقای آن بخشید و به تحقیقات خود بازگشت. سال‌ها اقامت در آلمان در مقام سرپرستی مسجد اسلامی هامبورگ پیش از انقلاب موجب آشنایی او به زبان آلمانی و از آن طریق آشنایی با الاهیات غرب شد. او همواره به عنوان یك محقق و صاحب نظر در الاهیات در ایران و غرب شناخته شده و بارها در كنفرانس‌های بین‌المللی مربوط به الاهیات و گفتگوی ادیان شركت كرده، و علاوه بر ایران در آلمان و اتریش نیز به تدریس پرداخته است. محمد مجتهد شبستری به عنوان كسی كه هرمنوتیك را به عنوان یك روش به متون اسلامی وارد كرده شناخته شده است و تألیفاتی در این زمینه نیز دارد.

بهانه تبلیغاتی كه اخیراعلیه محمد مجتهد شبستری در رسانه‌های حكومتی به راه افتاده سخنانی است كه او هفته گذشته در دانشگاه اصفهان ایراد كرده است. در این سخنان، شبستری سعی بر این كرده بود كه با برخی از مفاهیم مذهبی مانند عصمت پیامبر و امامان عقلانی برخورد كند و تناقضات موجود در قرآن و احادیث در این باره را رفع نماید. از جمله او نشان داده است كه دلیلی بر عصمت پیامبر در امور ناوابسته به رسالت دینی او وجود ندارد. این گونه برخوردها مذهب را برای نسل جوان هضم‌پذیرتر می‌كند، و از این رو باید قاعدتا مورد استقبال متولیان دین قرار بگیرد. ولی حكومتی كه بر اساس مذهب استقرار یافته و برای ولی فقیه آن نوعی ‌خطاناپذیری (عصمت) قائل است، به روشنی نمی‌تواند فرضیه خطاپذیری پیامبر یا امامان را بپذیرد. شكستن فرضیه ‌خطاناپذیری پیامبر یا امام ممكن است صدمه‌ای به اسلام نزند، ولی به روشنی پایه‌های مذهبی حاكمیت را دچار تزلزل می‌كند. اگر پیامبر یا امام ممكن است در امور عادی (از جمله، سیاست) خطا كنند با چه استدلالی‌ می‌توان ‌خطاناپذیری كسی را كه بر جای آنان نشسته و خود را نایب و نماینده آنان می‌داند پذیرفت؟

برخوردهایی از این قبیل كه بنیاد حكومت دینی را به تزلزل می‌اندازد طبیعتا نمی‌تواند از سوی حاكمیت نادیده گرفته شود. از این رو بلافاصله بلندگوهای تنلیغاتی رژیم به كار افتادند تا با نقل خارج از حواشی اظهارات آقای شبستری آتش تبلیغات هسیتریك علیه او را به كار اندازند. مشابه همین تبلیغات علیه اظهارات اخیر هاشم آغاجری نیز صورت گرفته است. گرچه فضای سیاسی‌ و اجتماعی داخلی (در آستانه یك رأی‌گیری جدید) و جهانی به گونه‌ای است كه شاید عوامل رژیم نتوانند به سادگی چند سال پیش این افراد را از طریق دادگاه‌ها تعقیب كنند و مهر تكفیر و ارتداد بر پیشانی آنان بزنند. ولی حكومتی كه به صورت روزافزون شاهد ریزش نیروهای هوادار خود به دلیل فشارهای اقتصادی و اجتماعی است به سختی می‌تواند ریزش پایه‌های مذهبی خود را نیز هم‌زمان تحمل كند. از این رو ممكن است تبلیغات حكومتی علیه نواندیشان دینی افزایش یابد و آنان را به سختی تحت فشار قرار دهد. آزادی اندیشه در قالب دین، هم‌چون آزادی اندیشه به صورت مطلق آن، حق بلامنازع هر انسان است و باید بدون قید و شرط مورد حمایت همه انسان‌های آزادیخواه و فعالان حقوق بشر قرار گیرد.