در دولت اول احمدینژاد تصور میشد که چون احمدینژاد با تلاش خامنهای و بیت وی روی کار آمده کاملا مطیع وی است.
در دولت دوم از نبوسیدن دست خامنهای توسط احمدینژاد در مراسم تنفیذ که بگذریم، با چند تحول این انگاره به شدت مورد پرسش واقع شده است: انتصاب مشایی به معاونت اولی و نادیده گرفتن نظر رهبری مبنی بر برکناری وی تا یک هفته توسط احمدینژاد، انتقال سازمان حج و زیارت توسط احمدینژاد به سازمان میراث فرهنگی تحت نظر وزارت ارشاد، تعیین نمایندگان ویژه رئیس جمهور در حوزههای جغرافیایی خارجی (خاورمیانه، افغانستان، آسیا و حوزه خزر) که منصوبان وی پس از عکسالعمل منفی خامنهای به عنوان مشاور حکم گرفتند و مشخص است که این کار بدون مشورت با خامنهای انجام شده بود، و برکناری متکی که بنا به برخی اظهار نظرها ظاهرا با خامنهای هماهنگ نشده بود (علی مطهری: «رهبری به احمدینژاد گفته است وزیر دیگری برکنار نشود»، خبر آنلاین، …