هاشمی رفسنجانی در واکنش به حکم ابطال وقف دانشگاه آزاد، به یادآوری نظر موافق آیتالله خمینی با ماهیت غیردولتی این مرکز آموزشی پرداخته است. وی در وبسایت خود نوشته که آیتالله خمینی جلوی مخالفان دانشگاه آزاد ایستاد.